神社在日本是奉祀神道神祇的場所，也是日本人的精神圖騰，而神道神社是日本（大和）民族固有的中心信仰。神社雖起源甚早，但該宗教建築真正深植民心與發揚，應該是19世紀日本明治維新之後。

日本最重要的神社包括供奉天照大神（天皇始祖、神道最高神祇）的伊勢神宮、供奉明治天皇的明治神宮，以及奉祀為日本戰死者，也就是近年引起爭議的靖國神社。日本人在新年或遇到考試、求職、懷孕時都會去參拜神社，祈求平安順利。

日本殖民統治50年期間，官方和民間在台灣各地興建了許多的神社，總督府及州廳認定的就有68座，如果包括其他有登錄，但未得官方認定的神社或神社遙拜所在內，則多達285座。台北州有40座；台南州有82座，為全台最多。

神社最初主要建在平地重要的街庄及日本移民村，後來逐漸往漢人聚落與原住民的居住地區擴散。由於原住民的聚落多稱為「社」，如霧社等，為了不與神社的「社」字混淆，從1924年原住民地區的神社就改名為祠。

當時台灣較重要的神社有：台灣神社，在現址的台北圓山大飯店，奉祀北白川宮能久親王、天照大神，鎮座年為1901年；建功神社，設在現在的台北市植物園內，奉祀在台灣戰歿者、殉職者等，鎮座年1928年。其他主要神社還有地方上的新竹神社、高雄神社等。

日本在台所建神社都是在奉祀鎮護日本者，充滿強烈的日本意識，例如侵台作戰指揮官能久親王就被奉祀為神祉。1945年台灣光復後，神社幾乎都荒廢或被拆毀，極少數如台灣護國神社，改建為圓山忠烈祠。

直到近年，民進黨地方政府和一些民間人士開始修復舊有神社。譬如：從2010年1月台南市政府開始整修林百貨（原建成年代1932年，其至1945年為南台灣最大百貨公司），包括位於頂樓的神社、鳥居（類似牌坊），之後委外經營，2013年12月百貨與神社一起開放參觀、營業。

2015年3月，台中市長林佳龍前往台中公園神社舊址的鳥居視察，宣布將撥款把目前倒放的鳥居在原址重建豎起，讓鳥居恢復當年風貌，成為台中地標。

同年8月，台東鹿野鄉龍田村居民，以提振觀光為由，集資整修完成鹿野神社；「日本李登輝之友會」會員、在日為神社神職人員的佐藤健一，捐資協助重建屏東牡丹鄉的高士神社。該社戰前奉祀天照大神，現在奉祀「為日本出征戰歿的排灣族英靈」；日本媒體稱它是台灣小「靖國」的重現。視「日本為祖國」的李登輝提賀詞「為國作見證」，他指的是哪一國？頗耐人尋味。

在台灣，官民已復舊或即將復舊的神社，猶如日本右翼勢力的「台灣情結」與台獨「日本情結」的交接點。