《公民投票法》（下稱公投法）2003年11月27日在立法院通過，翌年1月2日生效。依據公投法，無論是針對全國性事務的全民公民投票，還是針對地方自治事項的地方性公民投票，程序都分為下列四個階段：

第一階段：由千分之五具投票權的公民（在全國性公投，約10萬人）提案；

第二階段：向地方選舉委員會或中央選舉委員會提案，並送公民投票審議委員會（下稱公審會）審核；若遭審核不符規定，提案便會被駁回；

第三階段：審查通過後，須由5%具投票權的公民（在全國性公投，約100萬人），於6個月內完成連署，才能啟動公民投票。

第四階段：公民投票，必須由過半數的選舉權人參與投票(即投票率50%)，且同意票須超過投票人數的一半，公民投票才會有效通過。此謂「雙1/2門檻」。

依據公投法，台灣共舉辦過6次全台性公投，包括2004年舉辦的「強化國防」、「對等談判」等防禦性公投，2008年舉行的「入聯公投」、「返聯公投」，均因投票率未過半而胎死腹中。

公投法曾三次修法，但公投程序基本上未變，一直到2016年2月民進黨成為立法院多數黨，時代力量也當選5席立委後，公投法的修法才出現重大變局。

2016年5月9日及11日，立法院內政委員會兩度逐條審查《公民投票法》修正草案，並達成多項共識：(1)針對提案、連署人數，委員會達成決議將其分別大幅下修至全國選舉人口萬分之1和1.5%；(2)全國性公民投票適用事項增列「領土變更案之複決」，並新增兩岸政治協議事前、事後都必須經由全民公投才能換文生效；(3)針對公投年齡，會中取得共識將現行20歲下修至18歲，不過修憲案、領土變更案仍須年滿20歲；(4)公投的通過門檻下修為「同意票多於不同意票，且同意票數達有投票權的人總數25%以上」；(5)撤除公審會，由中選會負責公投事宜。

可以預見，修正草案如果三讀通過，會對台灣產生諸多不利影響，兩岸關係也將面臨大變局。

其一，公投提案、連署、通過的門檻大幅度降低，喪失公投法應從嚴、從謹的立法精神與慣例，這將導致公投案提案過於頻繁，不僅浪費社會資源，也將造成社會對立與動盪。

其二，兩岸未來的任何政治協議，事前必須經由全民公投才能進行協商，事後又須經立委四分之三出席，且四分之三同意後，公投有效票超過選舉人數總額半數，才能換文生效，這不僅使兩岸政治協議完全不可能進行，也凸顯綠營一方面主張大幅降低公投相關門檻，一方面卻對政治協議設置超高門檻，邏輯上明顯自相矛盾。

其三，如「領土變更案之複決」果真列入公投事項，擺明是走向「法理台獨」的前奏曲，這將使兩岸關係陷入緊張。