台灣地方小，又有被日本殖民統治、國府遷台後高度仰賴美援的特殊歷史經驗；因此，在選擇未來歸屬的方向時，既容易出現外力介入，島內各主要政黨亦長期習於引入外力、借外國壯聲勢，也因此長期抗拒、汙衊中國大陸提出的「一國兩制」方針。

民進黨三度執政有意篩選、改寫台灣的歷史論述，啟動「認知戰」，一邊「去中國化」，竭力否定歷史上中華文化、中華民族對開發台灣的正面意義，一邊用日本殖民的「功績」、「建設」取代、掩蓋傳統中華文化，以台獨海洋史觀擁抱西方及日本殖民，頌揚日本殖民所帶來的現代化，導致台灣民眾，特別是新生代，完全不知日本近代啟蒙思想家福澤諭吉，在1896年日軍掃蕩台灣之際，多次在《時事新報》撰文，羞辱台灣人為「醜類」，他建議應「殲滅醜類，使其一人無存」，主張日本割台要的是台灣的土地，不是土地上的人。

台灣民眾也不太了解日本總督的殖民統治是集行政、立法、司法於一身的極權統治，根本不把台灣人當成國民。整個日據時代，台灣人與日本人做同樣的工作，薪水僅有日本人的六成；而且台灣人還得為日本軍國主義侵略中國大陸、南洋而犧牲奉獻。然而，現在台灣校園卻孕育出不少崇拜後藤新平、八田與一等殖民官員的學生。數十年來，全台許多日據時代留下的日式建築，包括神社，都被重建維護保存下來。民眾對日觀感普遍正面，這些無形中都推升了台灣人抗拒「一國兩制」的心理。

雖然日、台沒有外交關係，但雙方存在緊密的經貿來往，且日本三番兩次在國際場合強調「台海和平穩定的重要性」。日本非常在乎台海兩岸之間的動向，原因出在從南海到台灣海峽或台灣東邊海域，是日本經濟與能源的航運命脈、經貿交通線，日本始終憂懼兩岸統一，其命脈、交通線可能會被切斷。再者，日本與美國是有安保合作的盟國，東京因應地緣政治的變化很大程度受到美國的驅策節制。

從李登輝、陳水扁到蔡英文，日本一直在台灣延伸觸角，而自民黨右派特別屬意「務實台獨工作者」賴清德。2022年日本前首相安倍晉三遇刺身亡，時任副總統的賴清德是台灣唯一以「安倍親友」身分、獲外務省通融赴日參與家祭者。2023年台灣大選期間，賴清德因副總統身分不方便前往，自民黨大老麻生太郎還專程來台為賴清德加持。賴上任後，行政院先後聘請定居台南的前東京都區議員野崎孝男、日本自衛隊前統合幕僚長岩崎茂為政務顧問，在台灣行政中樞提供對大陸高層、軍力的分析。

鑒於日本勢力已滲透台灣內部，在探索「兩制」台灣方案時，日本確實是個不可忽視的外部因素，其潛在影響力絕不亞於美國。兩岸有識之士務必要及早布局、部署，技巧縝密地排除或至少降低「日本因素」，而且要在台灣教育、媒體系統快速重塑以中國為主軸的歷史觀、地理觀。大陸尤應加強中日溝通，明確闡述「一國兩制」對東亞地區和平安全的意義，以爭取日本理解；並通過加強中日經濟合作，增進雙方的共同利益，減少日本干預台海的動機。另一方面，也要對日本可能的干涉行徑保持高度警戒，做好各種準備。。